在一個陽光明媚的春日早晨，校園里彌漫著花香，學生們三三兩兩地走進學校。今天是《校園催眠app》動漫第三季的首播日，期待已久的粉絲們早已坐在教室里，準備迎接新一季的故事。
這季的故事依然圍繞著主人公小智和他的新同學楠楠展開。小智是一個平凡的高中生，手里握著一款名為“催眠校園”的APP，這個APP不僅讓他能夠看到他人內心最深處的秘密，也能給予他能力去影響他人的情緒。但是，隨著使用的頻繁，小智逐漸感到這個APP帶來的力量并不是完全正面的。
新學期開始，校園里新來的轉學生楠楠引起了大家的關注。楠楠是個聰明且獨特的女孩，她不僅有著出眾的外貌，還有著神秘的氣質。在一個偶然的機會下，小智與楠楠相遇。小智被楠楠的氣質所吸引，同時也意識到她似乎能看透他的內心。
小智決定用自己的APP來了解楠楠，但他卻一次又一次地失敗。楠楠的情感似乎比其他人更加復雜，她的內心深處藏著秘密，無法輕易被催眠。而這一點，反而讓小智對她產生了更強烈的好奇。小智開始反思自己使用APP的初衷，是否真的應該用這種方式去窺探他人心底的秘密？
在幾次接觸中，小智與楠楠的關系逐漸加深。楠楠的身上似乎有一種魔力，吸引著小智的注意，而小智也通過楠楠的引導，逐漸意識到催眠的意義并不是控制他人，而是了解、尊重和陪伴。
一天放學后，小智和楠楠一起在校園的花壇邊漫步，陽光透過樹葉灑在他們身上，顯得溫暖而寧靜。楠楠向小智傾訴起了自己的故事，她為何轉學、她的家庭背景，以及她內心深處的孤獨感。在這段交流中，小智終于理解到，不論是催眠還是任何一種能力，都不應該用來傷害自己和他人，而是去創造美好情感的橋梁。
隨著時間的推移，小智決定不再使用APP去催眠楠楠，而是選擇以誠相待的方式來建立彼此的信任。楠楠也坦誠地表達了自己的感受，她告訴小智，她其實也感受到他的吸引力，但她和小智的世界似乎截然不同。
在學校的運動會上，小智為楠楠加油助威，更是鼓起勇氣參與了比賽。那一刻，他感受到了一種從未有過的快樂和自信。這不僅僅是因為比賽的勝利，更是因為他和楠楠之間逐漸升溫的情感。即便是在眾人面前，小智也不再感到拘束，他愿意展現真實的自己，而不是沉浸在那種虛幻的催眠之中。
然而好景不長，一位神秘的轉校生打破了小智和楠楠之間的和諧。這個新來的男生名叫阿杰，似乎對催眠APP的傳播有著極大的興趣，他不僅主動接近小智，還試圖說服他繼續使用APP，以便他們能夠一起掌控校園里的情感。
面對阿杰的誘惑，小智內心產生了動搖。他開始懷疑自己是否真有能力控制感情，是否應該繼續與楠楠保持如此親密的關系。在一次深夜的思考中，他決定再一次使用催眠APP，試圖尋找出線索來理解阿杰的目的。
這一次，小智的催眠結果卻令他震驚。阿杰的內心中充滿了與自己相似的孤獨感，他并不是想要控制他人，而是希望通過掌控情感來掩蓋自己內心的脆弱。他所做的一切不過是對抗自我。
經過一番掙扎，小智終于明白，每個人內心都有欲望和痛苦，催眠并不是解決問題的辦法，反而可能加深人與人之間的隔閡。他將自己了解到的真相告訴了楠楠，二人共同決定要幫助阿杰走出困境，而不是繼續他之前那樣的追求。
在一次深夜的校園散步中，小智和楠楠找到了阿杰。三人坐在操場的看臺上，望著漫天星空，阿杰終于打開心扉，講述了自己背后的故事。小智和楠楠用他們的理解與包容，給予了阿杰力量。
隨著彼此間的理解與溝通，小智意識到，生活不需要催眠，真實的情感相處才能帶來更大的快樂。通過這段經歷，小智、楠楠和阿杰之間的關系變得更加緊密，三人共同約定，要創造一個更加溫暖和諧的校園環境。
這一季的《校園催眠app》在溫暖感人的基調下，探討了人與人之間的情感和對真實的追求。在離別的時刻，小智深刻理解到，他的年輕歲月不僅僅是在學習與生活的奔波中度過，更重要的是用心去感受身邊的每一個人，每一段情感，讓未來的每一天都充滿期待和溫暖。