在一個陰雨綿綿的下午，瑪麗·萊諾克斯孤獨地望著窗外，心中充滿了無盡的苦悶。她是一個出生在印度的女孩，因父母的早逝被迫回到她陌生的舅舅家——英國的一個古老莊園。莊園不僅大得令人感到壓抑，而且冷清寂寞，仿佛整個世界在她的眼前沉睡。
“這個地方太無聊了，”瑪麗低聲自言自語，神情倔強而又孤獨。她的生活中沒有朋友，盡管這里有許多侍女和仆人，但她從不愿意與他們交流。瑪麗對這個莊園充滿了偏見，認為它是個毫無溫情的地方，唯一的慰藉就是那個古老而神秘的花園。她曾聽到過關于花園的傳說，許多年前的某個時候，那里曾是美麗動人的地方，但自從她的舅舅失去了愛妻后，花園便被鎖上，成為了無人余生的禁地。
一個偶然的機會，瑪麗在莊園的墻角發現了一扇生銹的鐵門，門上爬滿了藤蔓。她的好奇心驅使她推開了那扇門，發現花園仍舊保留著往日的風華，盡管滿是雜草，但在這片雜亂的景物中，依然能隱約看到昔日的美麗。那股令人窒息的空氣，像是藏住了多年未被打擾的秘密。
隨著時間的推移，瑪麗開始頻繁地訪問這個神秘的地方，她用心地修復著被荒蕪掩蓋的花朵，在花園中播種，傾注自己對自然的熱愛。漸漸地，她的性格也在這片土地上發生了變化，變得開朗而且熱情。她開始和與她同住的仆人迪肯建立了深厚的友誼。迪肯是一個熱心的男孩，總是樂于助人，負責照顧莊園的花草樹木。他也對瑪麗的花園充滿了好奇，愿意與她共同探索這片充滿魅力的天地。
在一次偶然的相遇中，迪肯提起了一個秘密——他舅舅的兒子，名叫科林·克蘭，住在莊園的臨近房子里。科林天生體弱多病，幾乎整天窩在房間里，因而變得極其自卑。瑪麗感到好奇，同時也對那個被隱藏起來的男孩充滿了同情。于是，她決定去拜訪科林，盡管她內心有些緊張。
在她第一次走進科林的房間時，瑪麗感受到一種強烈的孤獨。科林像一只被關進籠子的小鳥，怯怯地看著她，眼中閃爍著驚愕與不安。瑪麗不想讓他感到害怕，便盡力展現出自己的友好。她告訴科林有關花園的一切，描述著那種神奇的景色以及她在其中找到的快樂。聽著瑪麗的話，科林逐漸被吸引，眼中閃現了一絲光彩。
“我也想去看看那片花園，”科林終于緩緩說道，聲音中透露出一絲渴望。瑪麗感到心中一震，她決定幫助科林走出他的病痛與陰霾。她找到了迪肯，幾人一起開始為科林的到來做準備，想著如何將他帶入那片綠色的天地。
幾天后，在瑪麗和迪肯的幫助下，科林終于走出了房間。他新鮮而又緊張地邁入花園，四周的花朵和綠草讓他的心靈得到了久違的自由。陽光灑在他的身上，這感覺就像是久旱后的甘霖。他的臉上綻放出笑容，這令瑪麗感到無比欣慰。
隨著時間的推移，科林逐漸適應了花園的生活。他不斷挑戰著自己的極限，從一開始的虛弱到漸漸能夠在花園中奔跑、嬉戲。瑪麗和迪肯的陪伴讓他的心靈迎來了巨大的變化。他體會到了友情的溫暖，也在花園的歡聲笑語中，逐漸變得自信起來。
就在這個過程中，科林的健康開始改善，他在大自然的滋養下，重新找回了生命的活力。瑪麗、迪肯和科林的友誼在這個秘密花園中不斷加深，仿佛三人一起把那些封印在心中的快樂與希望釋放了出來。花園不僅僅是植物的集合，更是他們心靈成長的象征。
最終，科林鼓起勇氣，決定面對自己的父親。他向父親坦白了自己對花園的熱愛，并分享了與瑪麗和迪肯一起經歷的種種美好。在勇氣和信任的基礎上，科林的父親也終于明白了兒子的真實感受，打破了疾病與內心的桎梏。
在那片秘密花園中，種植的不僅僅是花草，還有他們之間的深厚情誼與成長的力量。每個人都在這個神秘的地方找到了自己，找到了久違的快樂與生命的意義。瑪麗、科林和迪肯用他們的友誼，讓這片花園重新綻放出燦爛的光芒，仿佛向世界昭示著生命的希望與無限的可能。