在遙遠的未來，世界逐漸被高科技和超自然力量所主宰，而在這片動蕩的土地上，生活著一群擁有特殊能力的年輕人。他們寄宿在一所名為“風祭學園”的學校中，接受著各種各樣的訓練，旨在為這個充滿危險的時代做好準備。
主人公天野義之是一個普通的高中生，內心深處卻隱藏著一種與生俱來的能力。他的父母早逝，他獨自生活，性格內向，習慣于藏身于書本和電腦游戲的世界。但當他踏進風祭學園的那一刻，他的命運注定要發生翻天覆地的變化。在這里，他不僅結識了志同道合的朋友，還逐漸發掘了自己身上的潛力。
一天，義之被一位神秘的少女吸引到了校園的深處。她名叫小鳥，擁有如同櫻花一般的美麗與柔和的氣質。小鳥并不屬于這所學校的學生，她是一個能操控時間的存在，似乎來這里是為了完成某個特殊的使命。她的出現，讓義之的平凡生活陷入了旋渦，他不得不面對與自身能力相關的未知挑戰。
隨著義之和小鳥的交往加深，義之逐漸了解到她的背景。小鳥是“Rewrite”計劃的一部分，這個項目旨在通過操控時間，改變人類的命運，防止一場即將來臨的巨大災難。然而，這項計劃并非完美無瑕，它的實施過程充滿了道德困境與犧牲。義之被卷入其中，面臨著選擇：是幫助小鳥，還是拋棄一切，保護自己心靈的平靜。
在一次次的冒險中，義之遇到了來自不同背景和能力的伙伴，他們的性格各異，但都舍命相助。一位擁有強大魔法的少女，他們的言辭間總是夾雜著甜蜜和爭吵；一位身懷絕技的戰士，直言不諱，始終在義之身旁默默守護。這些人將義之的孤獨生活變得色彩斑斕，友情的力量讓他明白，負責與擔當并非個人的負擔，而是彼此的共享。
然而，問題并未停止。義之漸漸發現，隨著時間的推移，小鳥的存在竟然對他的人生產生了難以逆轉的影響。她的使命不僅關乎他自己，還關系到整個世界的未來。在一次偶然的機會中，義之得知了“Rewrite”計劃的真相——這項實驗的最終結果，竟然是要犧牲無數人的生命，來換取少數人的未來。
當命運的齒輪終于開始轉動，義之面臨著抉擇。他必須在保護小鳥和拯救人類之間找到平衡。而此時，學園內的暗流涌動，其他參與“Rewrite”的學生們也開始意識到這項計劃的可怕真相。他們之間的矛盾日益加劇，似乎每個人都在為不同的目標而戰斗。
義之被迫成長，他開始運用自己的能力，與小鳥一起尋找反對“Rewrite”的力量。無論是理智還是感情，他都不能忽視身邊同伴的付出。他不僅要掌控自己能力的界限，還要面對可能的背叛與失去。在這充滿挑戰的過程中，義之終于學會了何為真正的勇氣，以及如何在困惑中找到自己的道路。
最終，義之決定面對“Rewrite”計劃的首領，一個邪惡的操控者，他妄圖利用小鳥的能力為自己謀取利益。在一場聲勢浩大的決戰中，義之和伙伴們齊心協力，突破一個又一個難關，直至終極對抗。
戰斗的最高潮時刻，義之面臨著生死抉擇。他最終選擇了犧牲自己的部分記憶，以拯救小鳥和保全人類的未來。就在他奪走對未來的選擇前，他用盡全力召喚出心底那份至純的情感，帶著對生命的深切熱愛，義之的心靈在那一刻得到了升華。
這一切在強大的能量交錯下，似乎是命運的盤旋。在命運的相交點，義之與小鳥之間的愛得到了升華，而世界則因此變得愈加多姿。每一朵櫻花，都承載著犧牲與希望的故事，在風中飄動。義之含淚微笑，雖然他失去了某些記憶，卻收獲了無與倫比的友情與勇氣。
最終，當櫻花漫天飛舞，義之重回校園。他的生活雖不再平靜，但內心卻因曾經的付出而閃耀著光輝。他與小鳥的在一起，成了彼此心靈深處永恒的紐帶。無論命運如何變遷，他們都將繼續前行，攜手面對未來。
櫻花散落的季節，義之的故事才剛剛開始。